Perl处理fasta

Perl

Perl简单处理单条fasta序列的文件。

#!/usr/bin/perl -w
while (<>)
{ 
    chomp;#去掉字符串结尾的$/(默认是换行符).
    if(/^>/)#  判断开头是>.
    {   
        ($display_name,$desc)=/>(.*?)\s(.*)$/; #读取描述性文字.
    }
    else  #  如果这一行的开头不是>,把每一行的序列都连接起来.
    {
        $seq.=$_;
        #写上需要的各种处理有没有！
    }
} 
#各种处理...

上面的例子实用性不高，因为一般都不会是单条序列。如果是多条序列的话，如下:

#!/usr/bin/perl -w
open FILE, ""; #将$/(默认换行符)替换成>.
while ()
{
   if($_ =~ /(gi.*?)\s(.*)>/ms){ #这里需要自己适当修改就行.
           $desc = $1;
           $seq = $2;
           $seq =~ s/\s//g; #把序列里的换行去掉.
           #这里添加各种处理...
   }
}
#各种处理...

本文由 Bin 创作