构建Web页面的Blast(windows/linux)

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准备1：Linux，下载Blast。看最新版的blast下载，找到适合你的版本。假设安装在/usr/NCBI/blast/

准备2：php环境，运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下，一般需要在你用户名（如zhenglc）下建个文件夹public_html，里面随便放个页面。内容可以是：

文件名：phpinfo.php

注意权限。你可以用chmod命令来改变文件或文件夹的权限。

chmod 777 zhenglc
chmod 777 public_html
chmod 777 phpinfo.php

有了权限后才可以运行。又假设你全部配置好了。例如该Linux的IP是192.168.1.1

http://192.168.1.1/~zhenglc/phpinfo.php

地址类似这样。如果一切顺利。当然会有内容。失败的话就重头再检查一遍。成功后接下来就比较简单。无非就是写个界面，然后调用blast就是。

例如：一个简单的界面index.php

1. To Blast Test DB Information(Enter FASTA sequence):
//注意这里

Select

    Test na db(nt)//这里是blastdb的名称。自行更换
    test_aa_db(protein)//这里是blastdb的名称。自行更换
Select

    blastn
    blastp
    3
    4 5
    8 10

触发Form之后，提交到blastall.php

是比较简单的。具体一些路径自行更换。参数也是。

另外，你也可以直接下载wwwblast，直接下载后解压就能用了。

另外如果是在windows环境，如XP下的。注意路径。

相应的地方改为：

$file=fopen("C:/blast/$filename.seq","w+");
$blastresult=passthru("C:/blast/bin/blastall.exe -i

C:/blast/$filename.seq -p $blast -d C:/blast/db/$db -b $bv -v $bv -F F");
//Linux下用system函数，windows下运行用passthru函数。
print $blastresult;

~完~!

本文由 Bin 创作