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/usr/bin/perl^M: 损坏的解释器: 没有那个文件或目录

“/usr/bin/perl^M:损坏的解释器: 没有那个文件或目录”，这个问题大多数是因为文件在Windows下编辑过。 Windows下，每一行的结尾是\n\r，而在linux下文件的结尾是\n。用cat -A filename时你可以看到这个\r字符被显示为^M。 解决方法: sed -i ‘s/\r$//’ filename ps:双系统的容易产生的问题。

05. 十一月 2011 来至 WeiBin
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Perl处理fasta

Perl简单处理单条fasta序列的文件。 #!/usr/bin/perl -w while (<>) { chomp;#去掉字符串结尾的$/(默认是换行符). if(/^>/)# 判断开头是>. { ($display_name,$desc)=/>(.*?)\s(.*)$/; #读取描述性文字. } else # 如果这一行的开头不是>,把每一行的序列都连接起来. { $seq.=$_; #写上需要的各种处理有没有！ } } #各种处理… 上面的例子实用性不高，因为一般都不会是单条序列。如果是多条序列的话，如下:

13. 五月 2011 来至 WeiBin
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Conky获取天气的脚本

上文才说到了无关紧要的conky，这里还是折腾了一回它。看来已经是严重的”折腾综合症”了。 话说网上很多的conky的天气脚本都不能用了，这回是使用的Yahoo! Weather的rss服务。获取数据之后使用perl进行处理，获取想要的信息。这里实用的是全文字的输出。 先看一张图(右上角可以看见最终的效果): ~/weather.pl文件：

19. 三月 2011 来至 WeiBin
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BioPerl分割超大的fasta文件/largefasta

主要就是里面的largefasta的使用了。它可以在你的/tmp里面建立一个缓存来解决大文件打开时内存不足的问题。输出时用fasta也行哈，看情况了。 继续阅读 →

22. 一月 2011 来至 WeiBin
分类： 生物信息学 | 标签： , | 5 条评论